不動産売却時の税金計算方法は？控除や申告準備も紹介

譲渡所得税の基本的な計算方法と税率

不動産を売却した際の譲渡所得税は、「譲渡所得＝収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額」の構造で計算されます。収入金額には売却代金のほか、固定資産税や都市計画税の精算金も含まれる場合があります 。

取得費とは、不動産を取得する際に支出した費用の総額で、土地の購入代金、建物の建築代金や購入代金、仲介手数料、登記費用、改良費などが含まれます。ただし建物については、所有期間中に生じた減価償却費相当額を控除して計算します 。

取得費の計算方法には「実額法」と「概算法」があり、実額法では購入代金などから減価償却を控除し、概算法では売却価格の５パーセントを取得費とみなすことができます 。

譲渡費用には、売却時に支払った仲介手数料、印紙税、立退料、取り壊し費用、違約金などが含まれます 。

税率は所有期間に応じて変わります。売却時の1月1日時点で所有期間が5年以下なら「短期譲渡所得」となり、税率は39.63％（所得税・住民税・復興特別所得税を含む）です。5年を超えると「長期譲渡所得」となり、税率は20.315％です 。

以下の表は、各項目の内容を整理したものです。

居住用住宅ならではの特例・控除制度

自宅を売却する場合、譲渡所得から「三千万円特別控除」が受けられます。この制度は、売却益から最高三千万円を差し引くことができ、譲渡所得税や住民税が発生しないこともあります。所有していた期間に関わらず適用でき、控除後の利益が小さければ節税効果は大きいです。たとえば、長期譲渡（所有期間五年超）では約二〇・三一五パーセント、短期譲渡では約三九・六三パーセントの税率がかかりますので、最大で六百万円前後の節税となる可能性があります。さらに、共有名義の自宅であっても、共有者それぞれがこの控除を受けられます。

「買い換え特例」には、売却時の譲渡益に対する課税を将来の売却時まで繰り延べる仕組みがあります。ただし、利益が将来に繰り延べられるだけで非課税になるわけではありません。また、この特例を受けると、新たに購入した住宅に対する住宅ローン控除との併用はできませんし、三千万円特別控除との併用もできません。どちらの制度を利用するかは、譲渡益の額や将来の売却予定に応じて判断することが大切です。

さらに、取得費や譲渡費用を漏れなく正確に計上することで、譲渡所得を圧縮し節税効果を高めることが可能です。取得費とは購入代金や仲介手数料等の諸費用から、建物の減価償却費を差し引いて計算します。譲渡費用には、仲介手数料・印紙税などが含まれます。これらをしっかり見直すことで、譲渡所得が少なくなり、結果として税金が軽くなることもあります。

下記は、特例の概要をわかりやすく整理した表です。

その他の費用と税金のポイント

不動産を売却する際には、譲渡所得税以外にもさまざまな費用や税金が発生します。

それぞれの項目を分かりやすく整理いたします。

■ 印紙税と登録免許税は、いずれも税金そのものですので消費税はかかりません。
■ 仲介手数料には宅地建物取引業法で上限が定められており、例えば売却価格が税抜で2,000万円の場合、「（2,000万円×3％＋6万円）」が上限となり、これに消費税が加算されます。したがいまして、課税対象となります。

また、司法書士に依頼して抵当権抹消登記を行う場合の報酬や、住宅ローンの一括繰上返済手数料も、消費税の課税対象となります。

司法書士報酬は1〜2万円程度、繰上返済手数料は金融機関によって異なりますが、サービス料として消費税がかかります。

さらに、印紙税に関しては軽減措置や電子契約時の取扱いもポイントです。

たとえば一定の要件を満たす契約書では軽減税率が適用される場合があります。

また、電子契約を利用する場合、所定の手続きにより印紙税が免除されることがあります。

ただし、適用要件が細かく定められているため、具体的には所轄の税務署や専門家に確認されることをおすすめいたします。

■ 取得費が明確でない場合には、「概算取得費」として譲渡金額の５％が最低限の取得費として認められます。

この方法を採用すると、実際に証明できる取得費があっても併用はできません。

いずれか一方を選択する必要があります。

また、統計資料や過去の資料をもとに取得費を推定し、実際の取得費として申告できる場合もありますが、いずれも要件と証拠が求められます。

売却前に行う具体的な手順と確定申告の注意点

まずは、売却後に譲渡所得税の確定申告・納付を忘れずに行うことが重要です。

譲渡した年の翌年２月16日から３月15日の間に申告を行いましょう。

例えば2024年に売却した物件であれば、2025年２月16日から３月15日が申告・納付の期限となります。

なお還付申告の場合は、これより前でも申告可能です。

期限を過ぎると延滞税や無申告加算税が課されることがありますので、ご注意ください。

次に、税額を事前に把握するためにシミュレーションしておくことも大切です。

譲渡所得の計算にあたっては、収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額をもとに所得額を算出し、所有期間に応じた税率で税額を計算します。

税率や控除の適用についてはシミュレーションツールも公開されていますので、これを活用すると具体的な数字を掴みやすくなります。

最後に、確定申告に必要な書類を早めに揃えておくことをおすすめします。

主な必要書類としては、以下のようなものがあります。

この他にも、確定申告書Ｂ様式や第三表、譲渡所得の内訳書などの様式を国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で入手・作成することが可能です。

提出前に必要書類が揃っているか、早めに確認しておくことで、スムーズな手続きにつながります。

まとめ

不動産の売却に伴う税金は、仕組みや計算方法をしっかり理解することで、納める税額を正しく把握できます。特に自宅を売却する場合は三千万円の特別控除や買い換え特例といった有利な制度が用意されているため、活用しない手はありません。

譲渡所得の計算では、取得費や譲渡費用を正確に計上することが節税のポイントとなります。

また、確定申告を忘れず、必要書類の準備や事前のシミュレーションも重要です。

不明点が残る場合は、専門家に早めに相談することで、安心して取引を進められます。